Якуб Сулейманавіч Шынкевіч нарадзіўся 16 красавіка 1884 г. у мястэчку Ляхавічы Слуцкага павета Мінскай губерні (цяпер г. Ляхавічы Брэсцкай вобласці) у сям’і татарскага землеўладальніка Сулеймана Шынкевіча і яго жонкі Фацімы. Меў брата Мустафу Шынкевіча, старшыню грамадства польскіх татар, і сястру Аміну.

Якуб Шынкевіч вучыўся ў розных пачатковых школах, затым у пятнаццацігадовым узросце быў залічаны ў трэці клас рэальнага вучылішча ў Мінску, дзе навучаўся ў 1899–1904 гг. У 1904–1910 г. вучыўся ў Санкт-Пецярбургскім тэхналагічным інстытуце. У 1912 г. паступіў на ўсходнезнаўчае аддзяленне гісторыка-філалагічнага факультэта Санкт-Пецярбургаскага ўніверсітэта.